中國經(jīng)濟(jì)體制改革在1993年開始進(jìn)入市場經(jīng)濟(jì)階段，市場機(jī)制與之相對(duì)應(yīng)的，金融體制也進(jìn)入深化改革階段。資本市場進(jìn)一步發(fā)展，建立銀行同業(yè)拆借市場、國庫券交易市場，市場機(jī)制發(fā)展票據(jù)貼現(xiàn)市場；發(fā)展企業(yè)債券發(fā)行、交易市場；建立發(fā)展股票發(fā)行、市場機(jī)制交易市場；進(jìn)一步拓寬銀行信貸發(fā)展領(lǐng)域；積極發(fā)展保險(xiǎn)業(yè)務(wù)。

在這一階段，科技金融發(fā)展的主要特征就是市場配置科技金融資源機(jī)制的建立和發(fā)展。這一階段以1998年“火炬計(jì)劃”的實(shí)施為開端，在“火炬計(jì)劃”前，中國大多數(shù)科技計(jì)劃主要依靠國家財(cái)政撥款，屬于指令性計(jì)劃，其市場機(jī)制科研成果推廣轉(zhuǎn)化率往往較低。“火炬計(jì)劃”是中國第一個(gè)以市場機(jī)制為基礎(chǔ)的科技計(jì)劃，在此平臺(tái)上，風(fēng)險(xiǎn)投資、企業(yè)市場機(jī)制集合債券等科技金融創(chuàng)新工具得以順利誕生、發(fā)展。這一市場機(jī)制階段其他重要科技金融事件包括：中國第一個(gè)高新技術(shù)開發(fā)區(qū)誕生、“973”計(jì)劃實(shí)施、“211”工程實(shí)施等�？萍假J款在這一時(shí)期也得到快速發(fā)展，1990年中國人民銀行正式設(shè)立科技開發(fā)貸款項(xiàng)目，市場機(jī)制科技貸款管理制度不斷完善，科技貸款工具逐步引入國家專項(xiàng)科技計(jì)劃。在國家“星火計(jì)劃”實(shí)施期間，銀行貸款提供資金供給比例達(dá)到37.3%，國家“火炬計(jì)劃”實(shí)施也充分利用銀行信貸資金為研發(fā)項(xiàng)目提供資金。